卓越網自從被亞馬遜收購后，也開始注重物流體系的管控。不同于京東商城，卓越亞馬遜(以下簡稱卓越)采用了“半一體化”模式，即自建物流中心和掌控核心區物流隊伍，而將非核心區物流外包。

　　截至2009年底，卓越已經在北京、蘇州、廣州、成都等地建立了七大物流倉儲中心。其中，蘇州和成都中心是攜手“普洛斯中國”共同開發的(見后文)。

　　卓越旗下有一家自己的配送公司“世紀卓越快遞”。北京、上海、廣州的貨物，主要采用自主送貨方式；二三線城市的貨物，則外包給第三方。

　　從本質上說，卓越模式仍是一種“重資產模式”。